ছাত্র-জনতার গনঅভ্যুত্থানে আওয়ামী লীগ সরকারের পতনের পর সিলেটের বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম পরির্বতরে সিদ্ধান্ত নেয় অন্তর্বর্তী সরকার। চলতি বছরের ১৩ মার্চ সরকারের উপদেষ্টা পরিষদের বৈঠকে সিদ্ধান্ত নেওয়া হয় নতুন নাম হবে ‘সিলেট মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়’। মূলত এই নামেই মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়ের যাত্রা শুরু হয়েছিল।

গত ১৩ এপ্রিল সিলেট মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় নাম রেখেই গেজেট জারি হয়েছে।

গেজেট অনুসারে, সিলেটের বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম এখন থেকে হবে ‘সিলেট মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়’।

২০১৮ সালের অক্টোবরে দেশের চতুর্থ মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে কার্যক্রম শুরু হয় সিলেট মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়ের।

সিলেট-৩ আসনের সাবেক সাংসদ হাবিবুর রহমান হাবিব ২০২১ সালের ১৬ সেপ্টেম্বর জাতীয় সংসদে বঙ্গমাতা শেখ ফজিলাতুন্নেছা মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় নামকরণের প্রস্তাব করেন। এর প্রেক্ষিতে আধাসরকারি পত্র দেন তৎক্ষালিন পররাষ্ট্রমন্ত্রী ও সিলেট-১ আসনের সাবেক সংসদ সদস্য ড. এ কে আব্দুল মোমেন। এরপর বিশ্ববিদ্যালয়ের তৃতীয় সিন্ডিকেট সভায় নীতিগত সিদ্ধান্ত গ্রহণ করা হয়। যা ২০২৩ সালের জুলাইয়ে নাম বদলে দেয়।